INEM Techno-Hub
À l'INEM, les plateformes technologiques offrent un accès à des équipements de pointe et des ressources partagées, permettant aux chercheurs de collaborer plus efficacement, de réduire les coûts, d'assurer la qualité des expériences et de stimuler l'innovation.
Les plateaux techniques offrent également un accès à l'utilisation des instruments spécifiques avec des référents experts, garantissant une utilisation optimale.
Plateforme radioactivité
Plateforme protéines recombinantes
Plateforme Expérimentale In Vivo pour les Maladies Auto-immunes et Métaboliques
Cette plateforme propose des services à la demande aux chercheurs travaillant sur les maladies auto-immunes et métaboliques. Les chercheurs intéressés peuvent contacter Emmanuelle Waeckel-Enée directement.
Afin d’assurer une gestion efficace des demandes et de répondre à des critères spécifiques, les chercheurs devront remplir un formulaire détaillé. Celui-ci permettra de recueillir des informations sur le projet, notamment les aspects techniques, logistiques et de faisabilité, ainsi que des précisions sur les projets en cours et les délais associés.
Contact
- Ingénieure : Emmanuelle Waeckel Enée
- Référente scientifique : Elise Dalmas
Demande de service
Remplir le formulaire en ligne
Services proposés
Travaux expérimentaux in vivo
- Monitoring de modèles précliniques de diabète de type 1 (NOD) et de type 2 (régime riche en graisses) : glycémie, test de tolérance au glucose
- Modèle d'encéphalomyélite auto-immune expérimentale (EAE)
- Modèles de cellules de transfert et injections (ip, iv, im, sous-cutanée, intrathécale, etc.)Isolement de cellules et tissus
- Prélèvement de tissus (cerveau, moelle épinière, moelle osseuse, ganglions lymphatiques, glandes mammaires, sang, etc.)
- Isolement des îlots pancréatiques
- Digestion des tissus et tri cellulaireSuivi des analyses
- Culture cellulaire
- Biologie moléculaire
- Immunohistochimie et imagerie
- Microscopie confocale, disque tournant
- Cytométrie en fluxDocument
Plateforme Bioinformatique
La plateforme Bioinformatics Hub de l'INEM est un espace collaboratif dédié à l’analyse et à l’intégration des données omiques. Notre mission est de fournir un espace centralisé pour l’analyse des données, le développement d’outils et la formation en bioinformatique, favorisant ainsi une collaboration dynamique entre biologistes et bioinformaticiens.
Contact
Types d'analyses proposées
Nous sommes spécialisés dans une large gamme d'analyses bioinformatiques, notamment :
- Single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) : Intégration des données, analyse différentielle d’expression, réseaux de régulation génique (GRN), annotation des types cellulaires, analyse de trajectoire, et bien plus.
- Bulk RNA-Seq : Alignement, quantification, analyse de co-expression, expression différentielle, découverte de biomarqueurs, construction de GRN, etc.
- Épigénomique : Identification des sites de liaison, profilage épigénétique, analyse de l’accessibilité à la chromatine, etc.
- Protéomique : Pipelines de phosphoprotéomique, analyses différentielles, études des modifications post-traductionnelles, interactions protéine-protéine (PPI), etc.
- Intelligence Artificielle (IA) : Apprentissage automatique, analyse statistique (descriptive, exploratoire, ACP), et reproductibilité des méthodes issues des articles scientifiques.
- Intégration multi-omique : Combinaison et analyse des données issues de plusieurs couches omiques pour obtenir des insights biologiques approfondis.
- Visualisation interactive : Développement de tableaux de bord et d’applications interactives pour l'exploration des données, adaptés aux besoins des équipes de recherche.
Services de conseil
Nous offrons une expertise et un accompagnement pour les projets en bioinformatique :
- Orientation sur les outils et pipelines bioinformatiques : Aide à la sélection, l’implémentation et l’optimisation des flux de travail pour l’analyse des données.
- Support et consultation pour les projets : Assistance dans le dépannage, les questions techniques et les stratégies analytiques.
Tous les outils et codes développés par le Hub sont librement accessibles sur GitHub (https://github.com/Institut-Necker-Enfants-Malades).
Nos objectifs stratégiques
- Construire une communauté bioinformatique à l’INEM : Nous organisons des séminaires mensuels, des sessions de formation et des groupes de discussion afin de renforcer les compétences en bioinformatique et de promouvoir la collaboration interdisciplinaire.
- Fournir des ressources informatiques centralisées : Nous mettons à disposition des codes sources, des applications, des serveurs et des pipelines, permettant aux chercheurs d’analyser et d’interpréter efficacement leurs données.
- Favoriser un environnement flexible et collaboratif : Le Hub fonctionne selon un modèle hybride, avec un bioinformaticien dédié (Lamine Touré) et des contributions de bioinformaticiens issus des équipes de recherche de l’INEM, garantissant des interactions interdisciplinaires fluides.
Pour toute demande concernant nos services bioinformatiques, des opportunités de collaboration ou une assistance technique, n’hésitez pas à nous contacter.
SFR Necker - Structure Fédérative de Recherche Necker
La Structure Fédérative de Recherche Necker joue un rôle central sur le campus Necker. Elle développe et coordonne des plateformes adaptées aux exigences technologiques des projets de recherche. Axée principalement sur l'optimisation des ressources financières, technologiques et humaines, la SFR Necker vise à créer un environnement optimal pour la recherche fondamentale et clinique de pointe, les collaborations et la visibilité.
La SFR Necker coordonne 15 plateaux techniques couvrant la protéomique, l'imagerie cellulaire, la cytométrie, la bio-informatique, entre autres, offrant ainsi une gamme diversifiée de services. Les plateformes techniques de la SFR Necker sont ouvertes à la communauté scientifique du campus Necker mais aussi à l'ensemble de la communauté scientifique régionale académique et privée.
Pour plus de détails sur cette initiative, veuillez visiter le site web de la SFR Necker.